Mei no Naisho gira em torno da vida do personagem-título Mei Haruna, um jovem afeminado que foi criado por sua mãe bruxa quando era uma menina, e sempre se considerou uma mulher. Sua mãe era a única família que ele tinha, então, depois que ela morreu, ele se transferiu para um colégio feminino e passou a residir no dormitório da escola com seu conhecido gato Abel e sua colega de quarto Fuuka Honjou, que também é membro de o comitê de moral pública. Pouco depois de chegar à escola, seus novos amigos descobrem, após uma exibição mágica no banho da comunidade do dormitório, que ele é na verdade um homem, embora isso seja um choque para ele, apesar de estar ciente das diferenças físicas entre ele e as garotas normais. Apesar de ele ter sido descoberto, e depois de alguma intervenção útil do pervertido presidente do conselho estudantil, o diretor da escola decide que ele pode ficar na escola. No dia seguinte, Mei chega à escola com Fuuka e se desculpa por esconder o fato de que ele era um bruxo, e informa aos outros como ele é aparentemente homem. Os outros alunos rapidamente o aceitam como um dos seus, e ficam impressionados como ele pode usar magia.
